可切断的链在ABPP中的应用文献综述

 2023-02-25 08:02

可切断的链在ABPP中的应用综述摘要:小分子探针确定生物活性化合物细胞内作用靶点在基于活性的蛋白质谱分析(Activity-based protein profiling, ABPP)中发挥关键作用,ABPP是研究酶的表达和功能的主要方法之一。

近年来,可切断的链(Cleavable linkers)已经成为促进蛋白质富集和鉴定的常用策略。

本综述介绍了可切断的链,包括在探针分子中引入可切断的链的优势,以及将其应用于ABPP的研究现状。

关键词:可切断的链;小分子探针;基于活性的蛋白质谱分析The application of cleavable linker in activity-based protein profilingAbstract:Small molecule probes identify cellular targets of bioactive compounds play a pivotal role in activity-based protein profiling (ABPP).ABPP is one of the main methods for studying the expression and function of enzyme. Cleavable linkers have become the common strategy of promoting protein enrichment and identification in the recent years. This review is intended to introduce cleavable linkers, includes the advantage of combining it in probe molecules and the recent research of applying it to ABPP.Key Words: Cleavable linkers; Small molecule probes; Activity-based protein profiling 1.小分子探针用于生物靶标测定的原理当今创新药物的发现越来越依赖于靶点的发现以及靶点与活性化合物作用模式的确定,小分子探针在这两方面的特出优越性使其成为药物化学的研究热点。

利用小分子探针测定生物靶标的主要原理是利用小分子与靶标生物大分子的紧密结合, 并通过小分子上连接的生物素、荧光、同位素、光亲和基团以及固相载体的作用, 有效地标记或分离出结合的靶标生物大分子, 通过凝胶电泳和质谱等分析手段确认靶标蛋白或丰度变化。

小分子探针技术与合亲和层析、凝胶电泳和质谱相结合可有效地鉴别生物活性化合物细胞内作用靶点。

小分子探针技术确定细胞内靶标蛋白的主要流程如下(图1):①针对一个未知靶标的活性化合物进行全面的构效关系(Structureactivity relationship,SAR)研究,以确认其药效团;②对药效团以外的部位进行结构修饰,引入报告基团及连接子构成探针分子,测试其生物活性;③原位靶点识别:将探针固定于固相载体上,用洗脱液进行洗脱来富集和纯化靶标。

通过构效关系设计活性探针结构类似物作为阴性对照是排除非特异性结合蛋白干扰的重要方法之一。

在洗脱液中加入大量的活性化合物与固相中的分子探针共同竞争作用的靶标也可进一步确认靶标位置、排除干扰;④将得到的蛋白条带通过蛋白质谱分析可初步判定靶点信息,再通过蛋白印迹、结构生物学等实验进行确证。

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