背景叶绿体基因组即为叶绿体的DNA，它与原核基因很类似，一般是双线环状分子，也有的是线状分子。
叶绿体基因组基本上都是由两个反向重复序列分成大单拷贝区和小单拷贝区的环状四分体结构，部分叶绿体基因组具有三个同向重复序列，更少者不含重复序列[1]。
对叶绿体基因组重复序列的研究目前较多，尤其是大多数植物都具有的两个反向重复序列，其结构类似于大肠杆菌的rrn操纵子[1]结构。
叶绿体基因组共编码120至130个基因，主要参与光合作用的光反应、转录和翻译等相关功能，尽管有部分片段的紊乱，但叶绿体基因组编码基因种类、排列顺序和含量可以认为是保守的，属于母性遗传[2]。
叶绿体的基因组研究是基于分子生物学的知识技术，通过测序技术得到植物叶绿体的基因组，照此不断扩充并整理成叶绿体基因组数据库，用以研究植物的进化、不同植物之间的亲缘关系、植物物种的鉴定等的一种逐步健全的研究方向。
叶绿体自身具有复制机制和相对独立的进化，可以广泛利用于药用植物的物种鉴定和系统进化研究。
而物种鉴定是生物多样性研究的基础和前提，DNA条形码已经不足以准确鉴定所有的药用植物物种，这时候叶绿体基因组就可以作为超级DNA条形码对无法准确鉴定的药用植物进行补足、作为辅助鉴定。
叶绿体基因组是植物特有的相对独立的遗传系统，编码着与光合作用等重要生物学过程相关的上百种基因，一般为双链环状结构，解析其中的基因数量、基因功能以及基因序列对于研究植物近缘野生种的遗传相当重要[3-7]。
测序技术[2]是叶绿体基因组研究的常用方法。
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